Es sind bisher mehrere Tausend Anwendungen unter dieser Medikamentengruppe beobachtet worden. Eine eindeutige Häufung von Fehlbildungen wurde nicht beobachtet. Allerdings wird ein etwas erhöhtes Risiko für Herzfehlbildungen (besonders für Paroxetin) diskutiert.
Weiterhin wurde ein erhöhter Blutdruck im Lungenkreislauf (sog. persisitierende pulmonale Hypertonie) beobachtet, das Risiko scheint aber nur bei 1% zu liegen.
Weiterhin wurden nach der Geburt gehäuft Verhaltensauffälligkeiten wie Zittern, Übererregbarkeit, Atemprobleme oder ein auffälliges Schlafverhalten beobachtet.
In der Schwangerschaft sollten möglichst die Wirkstoffe Sertralin oder Citalopram angewendet werden.
Es wird aber diskutiert, dass eine bereits laufende Therapie mit anderen Wirkstoffen beibehalten werden kann, weil das Risiko einer Verschlechterung der Depression größer ist als das Risiko einer Schädigung des Kindes.
Wenn ein anderer Wirkstoff als Sertralin oder Citalopram aus dieser Gruppe angewendet werden muss besteht mit großer Wahrscheinlichkeit kein wesentliches Risiko. Sicherheitshalber sollte aber dann etwa in der 19. SSW ein Feinultraschall durchgeführt werden.
Der Verdacht auf ein erhöhtes Risiko für Depressionen wird aus Tierversuchen abgeleitet. Bei der Anwendung bei Menschen wurde kein Zusammenhang beobachtet, allerdings liegt das evtl. auch an der kurzen Beobachtungszeit mit wenig Fällen.